砂石资源费用由哪个部门收取

砂石资源费由土地管理部门和水利部门分别收取。

砂石资源费是根据我国相关法律法规，针对砂石资源开采所征收的费用。具体收取部门如下：

1. 陆地上的砂石资源费，通常由土地管理部门负责收取。土地管理部门负责对土地资源进行管理和规划，对砂石资源的开采进行监管，并据此收取相应的费用。

2. 河道中的砂石资源费，则由水利部门负责收取。水利部门主要负责水资源的保护和管理，包括对河道内的砂石资源开采进行管理和收费。